الكلور
الغرض من التطهير في تحلية المياه بتقنية التناضح العكسي هو منع استعمار الميكروبات على سطح الأغشية. يجب أن يكون المطهر المثالي غير مكلف وغير خطير ولكنه شديد السمية للميكروبات دون التأثير على إنتاجية محطات التحلية. هناك العديد من طرق التطهير التي يتم ممارستها حاليًا في معالجة المياه باستخدام الكلور ومشتقاته أو المعالجة بالأوزون أو الأشعة فوق البنفسجية. يستخدم الأوزون بشكل متكرر كمطهر للمياه لأنه يزيل الكائنات الحية الدقيقة بشكل فعال من خلال التأثيرات المؤكسدة ، ومع ذلك فهي عملية مكلفة وغير مستقرة وفي بعض الأحيان ينتج البرومات المسرطنة في المياه المعالجة كمنتجات ثانوية .
اليود ، بيروكسيد الهيدروجين ، و حمض فوق الخليك عبارة عن مركبات مؤكسدة أخرى تستخدم بشكل متكرر في عمليات معالجة المياه. تستخدم هذه بشكل أساسي لتطهير أقسام ما قبل المعالجة لمكونات الأغشية ، مثل الأنابيب والطيات.
يعتمد التأثير المضاد للميكروبات للأشعة فوق البنفسجية على إنتاج الهيدروكسيل التي تمنع نمو البكتيريا.
بالإضافة إلى ذلك ، يمكن للأشعة فوق البنفسجية أن تكسر البكتيريا. ومع ذلك، فإن العلاج بالأشعة فوق البنفسجية له تكلفة عالية نسبيًا مع إمكانية تطبيق محدودة.